Uz velika iskušenja, Padre Pio je primio od gospodina i velike milosti. Sam je priznao svom duhovnom vođi: “Isus je počeo obasipati svoje siromašno stvorenje nebeskim viđenjima, ne dugo iza godine novicijata.”

Molio je mnogo i izvan vremena zajedničke molitve. Kada nije bio u sobi, moglo bi ga se naći samo na koru. Jedna od ranih odluka je bila da svaki dan mora izmoliti petnaest Krunica. Bio bolestan ili zdrav volio je spavati na zemlji s kamenom mjesto jastuka. Za svećenika je zaređen 10. kolovoza 1910. Četiri dana kasnije, dan uoči svetkovine Marijin Uznesenja služio je svoju prvu Svetu Misu u crkvi Pietrelcine. U propovijedi je njegov profesor otac Augustino rekao mladomisniku: “Ti nemaš puno zdravlja, zato neće moći propovijedati. Ali želim ti da budeš revan i svet ispovjednik.” Toga dana je otac Pio zapisao ovu molitvu: “ O Isuse, čežnjo moja i živote moj! Dok Te danas uzdižem u Otajstvu Ljubavi, molim Te da mogu biti za Tebe savršena žrtva i svet svećenik!” Od sredine 1910. na dlanovima i nogama doživljava oštre boli od nevidljivih Rana Isusovih.

O svom doživljaju 23. kolovoza 1912. napisao je svom duhovnom vođi: “ Bio sam u crkvi i zahvaljivao iza Mise, kad najednom osjetih da mi srce ranjava vatrena strijela tako živo i žarko da sam pomislio umrijeti od nje.” Ali dok je bio u samostanu u Foggi doživljavao je u svojoj sobi užasne napade zloduha. U muci otac Pijo je bio mokar od glave do pete. Uslijedile bi zanosi i viđenja Svetog Franje, Svete Terezije Avilske ili svojeg Anđela Čuvara. Otac Pijo je radi oporavka boravio od 28. srpnja 1916. u San Giovanni Rotondo. Tamo je konačno i premješten. Tamo je isprva bio duhovni vođa dječaka serafskog sjemeništa. Još žešće mistično probadanje srca doživio je navečer 6. kolovoza 1918. Na crkvenom koru je primio dar svih pet Isusovih Rana poslije Svete Mise 20. rujna 1918. Te Rane je nosio punih 50 godina. Središte duhovnog života Blaženog oca Pija bio je Euharistijski Isus u Svetohraništu.

Utjelovljena Riječ bila je vremenski i prostorno blizu ocu Piju, pa se sat za satom, danju u noću zadržavao u razgovoru s Božanskim Stanovnikom Svetohraništa. Kad bi ga upitali gdje bi ga mogli naći kad nije u samostanskoj ćeliji ili ispovjedaonici, odgovorio je: “ Dođite i potražite me na koru s Isusovom u Presvetom Sakramentu.” Besane noći koje je provodio u molitvi bile su priprema za Misu i sjedinjenje s Kristom u Svetoj Pričesti. Manfredonijski biskup Msgr. Cesarano je zamolio da mu dopuste obaviti osmodnevne duhovne vježbe u samostanu oca Pija. On je osam noći redom, ustajući se u različite sate da pohodi Presveti Oltarski Sakrament našao je uvijek oca Pija kako sabrano moli. A dnevne sate je isto provodio u molitvi i ispovjedaonici, bile su to himne zahvalnosti, jer je za oca Pija Sveta Pričest predstavljala život, sjedinjenje srdaca, izvor radosti i sreće.

U jednom pismu ocu Augustinu iz Svetog Marka u Lamisu pisao je otac Pio 20. ožujka 1912. Opisao je euharistijsko čudio kad mu se kod Pričesti Hostija pretvorila u meso, kao kod nekih Svetaca u prošlosti i velikih mistika naših dana: “ Samo Bog znade koliko sam miline osjetio jučer na blagdan Svetog Josipa, naročito poslije Mise i to u tolikoj mjeri da to još uvijek osjećam. Moja su usta osjetila svu slatkoću prečistog Mesa Sina Božjega. Kako me samo Isus usrećuje! Kako je blag Njegov Duh! A ja ostajem zbunjen i ne mogu ništa već samo plakati i ponavljati: Isuse, hrano moja! “ (Pisma I,299) Blaženi otac Pijo je rekao: “Getsemani, Kalvarija i oltar! Tri mjesta od kojih posljednje, oltar, jest zbroj prvog i drugog; to su tri mjesta , ali je samo jedno tu pronalazite.” Želio je da vjernici sudjeluju na Svetoj Misi “u šutnji i na koljenima.” Sveta Misa oca Pija predstavljala je njegov život: Kalvariju, razapinjane i njegovo Nebo. Trajala je oko tri sata.

Kad bi se katkada otac Pio približavao oltaru bio je potresen. Upitan da li se trese što mora trpjeti, odgovorio je: “Ne, nije zato što moram trpjeti, nego zbog onoga što moram prikazati. Zar ne shvaćate veliki Misterij Mise?” - Kad je bio spomen na žive – njegovo je sjećanje bilo duboko, poprilično dugo, osim kad su se čuli neki bolni uzdasi. Bolno i lagano uzdizao se na svojoj mističnoj Kalvariji i u iscrpljenosti stizao na svoje razapinjanje. Čas u kojem se odvijala Pretvorba bio je trenutak njegove vrhunske patnje – razapinjanje s Isusom. Izgovarao je riječi Posvećenja a tada se moglo primijetiti na njegovu blijedom i iscrpljenom licu, znakove neopisive unutarnje patnje – strašno mučeništvo razapetog na križu. Izgledao je kao Raspeti Isus.

Otac Pijo je jednom rekao: “Ja se ne mogu umarati kad slavim Misu, jer ne stojim na nogama već visim na križu zajedno s Isusom i trpim nepotpuno sve ono što je Isus trpio na Križu – samo toliko koliko je to moguće za ljudsko stvorenje.” Sa suzama u očima i ponešto jecajući polagano je nastavio Svetu Misu. Kod spomena na mrtve bila je duža stanka. Kolikih se duša sjetio prikazati Božjem Milosrđu prinoseći svoju krvi i patnje združene s Krvlju i Mukama Krista za oslobođenje duša iz Čistilišta. Na trenutak kod Svete Pričesti lice oca Pija postalo je obasjano svjetlošću i isijavalo ju kao Isusovo preobraženo Lice na brdu Tabor.

Za oca Pija Sveta Pričest je značila život, združenje srdaca. Isus je bio njegov Raj. Upitan otac Pijo da li je Majka Božja prisutna na Svetoj Misi, odgovorio je: “Da, smjestila se sa strane, ali sam ju mogao vidjeti, kakva radost! Kakav Raj!” Upitan: “Da li je Bogorodica uvijek nazočna na Misi?” – otac Pijo je odgovorio: “Kako može Majka Isusova ne biti na mističnoj Kalvariji oltara kad je bila na Kalvariji na podnožju Križa i žrtvovala svoga Sina kao žrtvu za spasenje duša?!” Na pitanje: “Je li Majka Božja prisutna na svim Misama koje se služe po svijetu?” Otac Pijo je potvrdio: “Da!” Na upit jesu li na Misi prisutni i Anđeli, blaženi Pio je rekao: “Čitav nebeski Dvor je tu nazočan.” Jednom zgodom je rekao otac Pijo: “Kad bi ljudi poznavali vrijednost Svete Mise, svaki dan bi morali doći redarstvenici, da na crkvenim vratima održavaju red zbog velikog mnoštva ljudi.”